Почётное звание «Заслуженный сотрудник органов государственной охраны Российской Федерации» установлено Указом Президента Российской Федерации от 23 декабря 2001 года № 1474 «О внесении дополнения в Указ Президента Российской Федерации от 30 декабря 1995 года № 1341 „Об установлении почётных званий Российской Федерации, утверждении положений о почётных званиях и описания нагрудного знака к почётным званиям Российской Федерации“» (Указ Президента Российской Федерации от 23 декабря 2001 г. № 1474 «О внесении дополнения в Указ Президента Российской Федерации от 30 декабря 1995 года № 1341 „Об установлении почётных званий Российской Федерации, утверждении положений о почётных званиях и описания нагрудного знака к почётным званиям Российской Федерации“»). Тем же указом утверждено первоначальное Положение о почётном звании, в котором говорилось:

Почётное звание «Заслуженный сотрудник органов государственной охраны Российской Федерации» присваивается сотрудникам федеральных органов государственной охраны за заслуги в осуществлении государственной охраны и состоящим на военной службе 15 и более лет в календарном исчислении.

В настоящем виде Положение о почётном звании утверждено Указом Президента Российской Федерации от 7 сентября 2010 года № 1099 «О мерах по совершенствованию государственной наградной системы Российской Федерации» (Указ Президента Российской Федерации от 7 сентября 2010 года № 1099 «О мерах по совершенствованию государственной наградной системы Российской Федерации»).