Геральдический знак — эмблема федеральных органов правительственной связи и информации представляет собой фигуру золотого двуглавого орла с поднятыми вверх распущенными крыльями. Орел увенчан тремя коронами, соединенными лентой. На груди орла — треугольный, вытянутый книзу щит с вырезанными верхними углами. Поле щита черное. В поле щита — вертикально поставленный золотой скипетр, переплетенный золотыми молниями. В правой лапе орла — перуны, в левой лапе — лавровый венок с развевающейся лентой. Геральдический знак — эмблема федеральных органов правительственной связи и информации может выполняться в черно-белом изображении. Разрешается изображение геральдического знака — эмблемы федеральных органов правительственной связи и информации на фоне цветов Государственного флага Российской Федерации (большая эмблема). Допускается использование в качестве самостоятельной эмблемы федеральных органов правительственной связи и информации изображения щита, аналогичного расположенному на груди орла (малая эмблема).

Эмблема ФАПСИ учреждена 15 марта 1999 года Указом президента РФ Б.Н.Ельцина №338 «Об учреждении геральдического знака — эмблемы федеральных органов правительственной связи и информации».

Флаг Федерального агентства правительственной связи и информации при Президенте Российской Федерации представляет собой прямоугольное двустороннее полотнище. Рисунок лицевой и оборотной стороны полотнища одинаков и представляет собой четырехконечный крест василькового (светло-синего) цвета с расширяющимися концами с золотой окантовкой и с углами (между концами креста) цветов, соответствующих расцветке Государственного флага Российской Федерации.

В центре полотнища изображен геральдический знак — эмблема федеральных органов правительственной связи и информации.

Отношение ширины флага к его длине — два к трем. Отношение высоты эмблемы к ширине флага — три к пяти.

Флаг ФАПСИ утвержден Указом президента №1228 от 15 октября 2001 года.